Eminent professeur de religion et d'archéologie à Harvard, Cal Donovan est appelé en urgence au Vatican. Dans le plus grand secret, il doit donner son avis d'expert sur un cas mystérieux : un jeune prêtre arbore les stigmates de la Crucifixion et affirme avoir des visions mystiques. Est-ce une imposture, une supercherie ? D'abord sceptique, Donovan est stupéfait de constater que l'homme de foi souffre de vraies blessures et qu'elles ressemblent étrangement à celles infligées à Jésus sur la Croix.
Et les choses prennent une nouvelle tournure inquiétante quand le prêtre est enlevé. Le professeur Donovan n'est pas le seul à s'intéresser à ce cas miraculeux. Pourquoi une société secrète, les terrifiants chevaliers de Longin, est-elle prête à tout pour découvrir la clé des stigmates ? Un secret millénaire qui serait une véritable bombe à retardement s'il tombait entre de mauvaises mains...