Quel est ce jeune homme dont le cadavre patiente sur la table de dissection ? Ses plaies béantes évoquent irrésistiblement les stigmates du Christ. Le docteur Saint-Omer, le légiste, procède à l'autopsie. Le verdict tombe : mort par noyade malgré les blessures infligées. La victime est Mouss, le SDF qui a fait la une des journaux avec certains de ses frères de misère pour avoir occupé Notre-Dame de Paris pendant la période de Noël, clamant leurs revendications : un logement pour tous ! Le Père Kern y officiait au moment de l'"invasion" du saint lieu.
Témoin autant qu'acteur, le bras de fer entre les sans logis et les autorités - policière et religieuse - l'avait profondément touché. Depuis, le prêtre s'est retiré. Il se consacre désormais au tri et à la conservation des "traces du passage des plus pauvres sur cette terre" au centre Wresinski, dans le Val d'Oise. Claire Kauffmann, l'ex-procureur, est chargée d'instruire l'affaire du "noyé des Batobus".
Lorsqu'elle apprend que François Kern connaissait la victime, elle décide d'aller le voir pour le convaincre de l'aider dans son enquête. Elle essuie un refus : la jeune femme devra se débrouiller seule, cette fois... Mais le Père Kern résistera-t-il à l'appel du coeur et au besoin de comprendre ? Entre les silences, les non-dits et les malentendus, les enquêteurs, officiels ou non, auront bien du mal à démêler les fils de ce crime sordide.
Nous retrouvons avec jubilation le trio Kern/Kauffmann/Landard-Gombrowicz, affublé de Kristof - la "gargouille" -, qui hante les jardins comme les travées de Notre-Dame.