La violence exercée à Anagni contre le pape Boniface VIII, le 7 septembre 1303, par l'envoyé du roi de France, Philippe le Bel, a marqué le début d'une nouvelle période dans l'histoire de l'Eglise : le système, issu de la réforme grégorienne, dans lequel le Pape occupait la première place dans tous les domaines n'était plus, à la fin du XIIIème siècle, en parfaite concordance avec les principaux aspects de la civilisation occidentale contemporaine.
La réorganisation qui s'imposait à l'Eglise au début du XIVème siècle a été faite non pas de Rome mais d'Avignon où la Papauté réside de façon stable de 1309 à 1376, par des papes originaires du royaume de France sur la décision de l'Aquitain Bertrand de Got, élu pape en 1305 sous le nom de Clément V. L'évolution de la papauté et de l'Eglise tout comme les solutions nouvelles proposées à la société chrétienne par les papes du XIVème siècle portent l'empreinte forte de cette résidence à Avignon.