La dépouille d'un homme assassiné il y a 2000 ans vient d'être découverte dans un sanctuaire japonais de Kyoto. L'homme, qui vivait au Tibet avant d'être mystérieusement transporté au Japon tient encore dans sa main un fragment de manuscrit couvert d'une écriture hébraïque. Qui fut cet homme ? C'est à Ary Cohen, messie des Esséniens, scribe à Qumran, que la mission de découvrir son origine va être confiée. Au fil de son enquête, qui le conduit d'Israël au Japon puis au Tibet, Ary va peu à peu découvrir que la religion initiale du Japon, le shintoïsme, découle directement de la religion hébraïque, car lors de la dispersion des tribus d'Israël, l'une d'entre elle a atteint ce pays et perpétué dans l'exil son culte. Parallèlement à cette quête, Ary recherche désespérément la femme de sa vie, Jane. C'est pour elle qu'il a quitté les Esséniens. Or la jeune femme, agent de la CIA, se trouve également au Japon...