"Tête contre tête. Comme ça l'était juste avant le commencement. Deux qui ne font qu'un. Puis la lutte commune pour trouver de l'espace, pour se libérer de l'autre, et la grande bouffée d'air et cette terrible lumière où ils jaillissent au monde et se séparent. Ils sont frères". Après la mort de son frère jumeau, Jack lit le journal intime que Sam a rédigé durant leur enfance. Il découvre avec désarroi les sentiments qu'éprouvait Samuel à son égard, l'envie et l'admiration qui l'ont animé et torturé jusqu'à sa mystérieuse disparition.
Ces carnets révèlent aussi la personnalité ambiguë de l'abbé Anselm qui a fait de Samuel son disciple alors que celui-ci est déchiré entre la foi et le désir charnel qu'il éprouve pour une femme. Construit comme un roman à suspense, La Chute de Samuel explore les conflits éternels entre l'âme et le corps, la pensée et l'action, l'amour et la mort.