Officiellement fermé faute de président de la République, l'Elysée a été le théâtre durant ces années tragiques d'intrigues et de jeux de pouvoir qui sont passés totalement inaperçus dans l'opinion publique et ont été jusqu'ici méconnus des historiens. Le 13 juin 1940, trois jours après que le président Albert Lebrun se fut évanoui en abandonnant son palais, la rumeur assure que Maurice Thorez, le secrétaire général du PCF, est sur le point de l'occuper pour y tenter un coup de force ! Le lendemain, à peine entrés dans Paris, les Allemands hissent sur le toit leur immense drapeau rouge à croix gammée.
En mai 1942, l'énigmatique amiral Darlan y ouvre ses bureaux parisiens avant de décider finalement de s'envoler pour Alger où il sera assassiné. Dans les premiers jours d'août 1944, le maréchal Pétain envoie des émissaires à Paris et fait aménager des appartements à l'Elysée : il rêve de transmettre ses pouvoirs aux Américains et au général de Gaulle... Le rêve se termine dans les fourgons de la Gestapo.
A la Libération de Paris, les Américains vont-ils, à leur tour, occuper le palais comme les Allemands avant eux ? De Gaulle, lui, refuse de s'y installer, comme si les spectres du désastre de 1940 continuaient de l'habiter. Le palais va alors être remis en état et remeublé, pour être prêt à recevoir un nouveau président de la République. Il s'appellera Vincent Auriol et sera élu au mois de janvier 1947...
Pendant sept ans, l'Elysée sera donc apparemment resté vide. Son histoire secrète n'avait jamais été révélée. Elle l'est ici pour la première fois à travers des témoignages et des documents inconnus, inédits ou passés sous silence, les complots et les manœuvres que l'Elysée fantôme abrita durant ces années noires.