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Fille de l'Encyclopédie (1751-1772, 28 vol.) de Diderot et d'Alembert, l'Encyclopédie méthodique (1782-1832, 212 vol.) de Panckoucke conserve la palme du gigantisme. Si la Révolution Française pendant laquelle est publié le Dictionnaire de Théologie, n'a rien changé ni aboli dans le domaine de la pensée, elle a changé les conditions d'exercice pour les directeurs scientifiques. De surcroit en synthétisant ce moment particulier des savoirs liant mots et choses, la Méthodique représente un chainon incontournable entre l'épistémé des Lumières et celle du xixè siècle.
Alors que l'Encyclopédie dans un Système figuré des connaissances humaines construisait un ordre encyclopédique à partir des trois facultés de l'entendement humain (mémoire, raison, imagination), Panckoucke, qui craint la polémique sur les renvois, réoriente cet ordre. Il découpe chaque article et organise des listes de matières à partir de l'Encyclopédie. L'ordre des matières ne vise que les choses de la science qui, dans chaque Dictionnaire, seront détaillées au mieux.
Enfin pour conduire le lecteur dans la connaissance, une table analytique propose un ordre de lecture transformant le dictionnaire en traité didactique.
Le Dictionnaire de Théologie relève un autre aspect de la pensée philosophique du Système figuré, à savoir, une séparation de la Théologie ou Science de Dieu, des deux autres sciences que sont la Science de l'homme et la Science de la nature. Le progrès va se faire avec ces deux Sciences, sans la Théologie.
Bergier revient sur cette séparation traduite par l'évincement des théologiens de l'entreprise encyclopédique des Lumières. Il remplit alors parfaitement le rôle demandé par Panckoucke de corriger et de compléter celle que ce dernier appelle la « première Encyclopédie » voulant être le directeur de la seconde Encyclopédie.
