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Au coeur de l'Arizona, en plein territoire Navajo, est implanté le projet Isabella, un accélérateur de particules en mesure de reproduire une énergie comparable au Big Bang, et donc expliquer la naissance de l'univers. Mais ce projet, mené par le professeur Hazélius, scientifique de génie, prix Nobel et Médaille Fields, bien que soutenu par le gouvernement, n'a pas que des adeptes. Au nombre des opposants, les indiens Navajos, un groupe d'écologistes, un virulent télévangéliste et un pasteur fondamentaliste, qui voient en Hazélius l'Antéchrist et en Isabella une création de Satan.
Afin d'assurer la pérennité du projet, Wyman Ford, ex-agent de la CIA devenu enquêteur privé après une retraite de deux ans dans un monastère, est dépêché sur place. Mais, peu après son arrivée, tout s'emballe. Alors qu'Isabella est sur le point d'atteindre sa puissance maximale, apparaît une étrange entité qui se présente comme Dieu. L'entité tient des propos philosophiques sur le sens de la vie, la religion, la recherche de la vérité par la science.
Inquiet, le gouvernement prépare un assaut pour mettre fin à ce projet qui semble lui échapper. Parallèlement le pasteur Eddy lève une véritable armée de « fidèles » prêts à détruire Isabella et son créateur.
