En 1953, quand s'ouvre le roman, Maria vit depuis plus de cinquante ans seule dans la maison de famille délabrée. On la surnomme "la sorcière de Waipu", elle qui très jeune se rebella contre sa mère pour vivre sa passion avec un cantonnier. Mise au ban d'une communauté encore très respectueuse des strictes règles morales édictées par son sourcilleux fondateur - l'autoritaire et charismatique Norman McLeod, avec qui sa grand-mère Isabella quitta l'Ecosse en 1817 -, elle a tout le temps de se pencher sur le passé.
Après plus de trente-cinq ans de voyage à travers le vaste monde et quelques longues étapes, en Nouvelle-Ecosse et dans l'île de Cap-Breton, sur les côtes d'Amérique du Nord, McLeod, que ses disciples appelaient l'"Homme", décida, en 1854, que leurs tribulations prendraient fin sur cette côte du Nord de la Nouvelle-Zélande où Maria vit le jour bien des années plus tard. L'Homme qui guida là son peuple, convaincu de le conduire sur le droit chemin, reposait depuis vingt ans déjà dans le cimetière près de l'océan.
Le journal tenu par sa grand-mère tout au long de sa vie aventureuse, et sur lequel Maria met la main, lui révèle l'envers du décor : s'y dessine non le portrait d'une diablesse dont elle aurait hérité les penchants pervers et indociles, comme sa propre mère tentait de l'en convaincre, mais celui de l'héroïne indépendante et téméraire que fut Isabella. Il fallait bien du courage en effet pour s'imposer face à un McLeod peu enclin à accepter chez ses ouailles des opinions individuelles, surtout quand celles-ci étaient des femmes.
Et l'on comprend, au fil de cette formidable saga, que Le Livre des secrets est celui de ces femmes qui, pour exister dans une communauté masculine et rétrograde, n'avaient d'autre choix que d'en contourner les préceptes.