325. L'empereur Constantin convoque à Nicée un concile général des évêques de l'Empire romain afin de fixer les dogmes de l'Eglise chrétienne. 1070. L'Ordre religieux et militaire de Saint-Jean de Jérusalem est créé. Après l'expulsion des croisés de Terre sainte, il s'installe à Malte et reçoit, en 1312, les biens des Templiers. En 1798, sur les traces d'un secret bien gardé, Bonaparte arrive sur l'île et provoque l'éclatement de l'Ordre.
2019. A la mort du pape, un conclave se réunit. Une conspiration se trame alors autour de mystérieux documents, datant du concile de Nicée, qui, s'ils étaient dévoilés, pourraient mettre l'Eglise en péril. En quête de ceux-ci, Cotton Malone va devoir affronter une société occulte et décrypter bon nombre d'énigmes historiques et religieuses pour percer le dernier secret du Vatican.