Attaqué par des clones de combat non identifiés, l'Empire s'enfonce lentement dans le chaos. Des mégapoles entières ont été dévastées par des explosions nucléaires et les troupes impériales échouent à rétablir l'ordre. Tandis que l'Empereur convoque la noblesse pour confondre l'instigateur de ces attaques concertées, maître Kobayashi se réveille sur une planète paisible où l'a emmené l'Enfant, cet énigmatique messie qui n'a encore livré aucun de ses secrets.
Dans ce havre de paix, Kobayashi va devoir poursuivre sa formation spirituelle et guerrière, non pas pour mettre un terme au chaos qui embrase l'Empire, mais pour mener l'Humanité sur la Voie. Car l'Empire est perdu, il l'a toujours été.