Les succès comme les excès de la biologie moléculaire se sont en partie construits sur la métaphore informatique du " programme " génétique. Henri Atlan s'interroge sur les implications de cette métaphore pour l'orientation des recherches et des interprétations scientifiques, mais aussi pour l'information destinée aux non spécialistes, citoyens et décideurs. Des découvertes récentes concernant les prions, le clonage ou la biologie du développement viennent ébranler le modèle, relancer le débat sur les effets épigénétiques et souligner les limites de ce nouveau réductionnisme.
Les théories de la complexité et de l'auto-organisation du vivant, dont H. Atlan fut l'un des pionniers, éclairent ces questions et aident à les situer dans la perspective plus globale de l'évolution de la biologie moderne.