Entendre la parole des enfants est devenu mortel. Au parc, les adultes dépérissent sous les cris de leur progéniture. Cette épidémie étrange se répand partout, dans toute la ville, dans chaque famille. Des transmissions radiophoniques dont l'origine est inconnue ordonnent en boucle et à chacun d'abandonner leur maison, et de partir. La nuit, les rues des quartiers résidentiels se transforment en issue de secours pour pères tentant d'échapper au désespoir.
Aux yeux de Sam et Claire, il semble que la seule alternative est de s'enfuir loin de leur fille, Esther. Celle-ci se moque de la maladie de ses parents, sans comprendre pour l'instant que, d'ici quelques années, elle sera aussi victime de la toxicité du langage. Mais, petit à petit, Claire et Sam se rendent compte qu'il n'est pas si facile de quitter un être cher, même si la parole malveillante des enfants les fait décliner à vue d'oeil.
Le soir de leur départ, Claire disparaît mystérieusement. Sam, lui, est déterminé à trouver un antidote à la toxicité du langage, et va pénétrer au coeur d'un monde étrange pour tenter de sauver sa famille. L'Alphabet de flammes soulève la question suivante : que reste-t-il de la civilisation lorsque l'on a perdu la capacité de communiquer avec ceux que l'on aime ?