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Au terme d'une longue série d'épreuves, Sumio et ses camarades sont finalement parvenus à échapper à l'E-Test. Devenu Enigma à la place de Kirio, Sumio a désormais pour mission de détruire le crâne. C'est alors qu'il reçoit un appel de son père disparu lui ordonnant de monter à bord d'un mystérieux train en direction de l'île du Squelette. Malheureusement, c'est seul que le jeune homme s'engage vers sa destination car Shigeru, qui l'accompagnait, s'est volatilisée dans des circonstances inquiétantes...
Parmi les multiples pièges que lui réserve le train, Sumio rencontre trois curieux passagers qui semblent dotés de pouvoirs. Avec la menace de l'ennemi malfaisant qui plane au-dessus d'eux, parviendront-ils à atteindre le terminus en vie ?
