Machines, avez-vous donc une âme ? Telle est la question qui déchire l'Eglise catholique en ce début du IIIe millénaire, où un vaste réseau informatique permet de stocker les duplicata numérisés de nos personnalités en attendant de les greffer sur des clones - et du même coup de faire accéder l'humanité à une forme d'immortalité. Jusque-là, le Vatican s'est refusé à considérer l'âme comme un simple logiciel et à admettre que les " entités successibles " puissent en posséder une, d'où une baisse grandissante de sa popularité déjà bien entamée. Une situation à laquelle Mary 1re, papesse de choc nouvellement élue, est décidée à mettre fin au risque de se frotter à Satan... Ce sera le projet Deus Ex. Comme dans deux ex machina.