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Le système cartésien est profondément enraciné dans la métaphysique, qui s'impose avant (et non plus après : meta) la physique. Pourtant, après avoir aspiré à une vie active, Descartes découvre avec Beeckman la "physico-mathématique", qui applique à toute la nature une méthode à modèle mathématique. Les songes de 1619 confirment sa vocation à progresser sur le chemin de la vérité. Optique, dioptrique, météores occupent ses années parisiennes, jusqu'à sa retraite aux Pays-Bas où les neuf premiers mois sont consacrés à un "commencement de métaphysique" que Descartes interrompt quand il apprend l'observation de faux soleils : leur explication lui fait élargir la science à l'ensemble du Monde (y compris les vivants) à partir "de la lumière".
Puis il renonce à le terminer, et fait connaître sa méthode dans le Discours, avec un résumé de la métaphysique. Comment Descartes avait-il été incité à démontrer que l'existence de Dieu est plus certaine que les. mathématiques ? Et quels furent les thèmes nouveaux des Méditations ? Alors l'arbre de la philosophie va s'élever et déployer ses branches, jusqu'à ce dernier fruit, la générosité. Seule la mort interrompt La Recherche de la Vérité, son "principal bien en cette vie".
