Un homme sans mémoire veut percer les mystères de son passé... Un soir de tempête, non loin de Marseille, un bateau de pêche recueille le corps d'un homme grièvement blessé. Lorsque celui-ci reprend conscience, il a perdu la mémoire... Seul indice qu'il ait de son identité : il a sous la peau de la jambe un morceau de film avec le numéro d'un compte dans une banque suisse. Il découvre que son titulaire est un certain Jason Bourne, mais aussi que ce Jason Bourne est un homme marqué, condamné et traqué par plusieurs tueurs.
Pourquoi ? Qu'y a-t-il dans le passé de Bourne pour expliquer cet acharnement à le faire disparaître ? Est-il un assassin professionnel ? Que signifient les images atroces, les bribes de souvenirs qui viennent le hanter ? ... Avec pour unique alliée une femme qui bientôt s'attache à lui, celui qu'on appelle Jason Bourne va chercher à percer le mystère de son identité.