Jacob et les enfants particuliers sont désemparés : Miss Peregrine, changée en Oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres, des âmes damnés, sur l'île de Cainholm. Les voilà donc livrés à eux-mêmes ! Après avoir essuyé une tempête entre Cainholm et le continent, Jacob et ses amis s'échouent sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940, alors que la Seconde Guerre mondiale fait rage.
Ils sont aussitôt pris en chasse par des Estres déguisés en soldats, qui veulent à tout prix capturer l'Oiseau. Les enfants fuient à travers la forêt, et se réfugient dans une boucle temporelle abandonnée par une certaine Miss Wren. Là vit une curieuse ménagerie d'animaux singuliers. Parmi eux, Addison, un chien parlant, un ému-rafe - croisement improbable entre une girafe et un âne -, des poules qui pondent des oeufs explosifs, et un chimpanzé fantasque.
Addison leur explique que Miss Wren est partie à Londres pour tenter de libérer ses soeurs Ombrunes, capturées par les Estres. Et il leur apprend que c'est la dernière Ombrune en liberté. Jacob, Emma, Enoch, Olive, Bronwyn, Millard, Horace, Hugh décident de la rejoindre au plus vite, car elle est la seule personne capable de redonner à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine...