En ce soir de printemps, dans la célèbre ménagerie du Jardin des Plantes, les animaux sont nerveux. Ils crient, heurtent les barreaux de leur cage. Ils pressentent quelque chose. A deux heures du matin, la police reçoit un appel affolé. Un bébé vient d'être enlevé. Puis le téléphone sonne encore, et encore. Cette nuit-là, à Paris, ce sont 5 bébés qui disparaissent. Au lever du jour, la ville est en état d'alerte. Tandis que les forces de l'ordre cherchent les nourrissons, la Seine déborde subitement, une crue géante et inexplicable. En quelques heures, le centre de la ville a les pieds dans l'eau. Paris se noie. Un seul homme a une piste pour comprendre ce chaos : Sylvain Masson, jeune professeur à la Sorbonne, sait que sa mère, la très renommée conservatrice du Jardin des Plantes, lui cache quelque chose. Est-elle liée au fléau qui s'abat sur la ville ? Avec Trinité, une petite surdouée de 14 ans témoin d'un des kidnappings, Sylvain va se lancer sur les traces des enfants. Plongeant au cœur des mystères de Paris, dans ses carrières, dans ses catacombes, et plus loin encore, les deux jeunes gens découvrent LE secret. Devant cette vérité si incroyable, si inimaginable, si... irréelle, il leur reste moins de vingt-quatre heures pour sauver la ville.