La lutte pour la survie de l'humanité ne fait que commencer. Au milieu des étoiles, la guerre fait rage entre la fédération humaine de l'UNSC - United Nations Space Command - et l'empire colonial alien de l'Alliance Covenante. Chaque faction cherche à étendre son territoire et à s'emparer des puissantes reliques laissées à travers la galaxie par la civilisation disparue des Forerunners. Loin du conflit, sur la petite planète de Meridian, Saskia, Evie, Dorian et Victor vivent paisiblement leur quotidien de lycéens.
Mais lorsqu'une flotte covenante attaque leur monde et menace de tuer la population, les quatre adolescents décident de prendre les choses en main. Restés seuls à la surface alors que les habitants ont trouvé refuge dans un bunker souterrain, ils vont devoir faire face aux troupes ennemies. Et pour cela, ils n'ont qu'une solution : s'armer, contacter l'UNSC pour obtenir du secours et trouver un vaisseau afin de quitter Meridian avant qu'elle ne soit détruite.