Féroces infirmes entrecroise deux récits : le premier se situe entre la fin des années 50 et le début des années 60. Il met en scène le destin de Jean-Paul, jeune lyonnais de 20 ans travaillant dans un cabinet d'architecture, soudain appelé en Algérie. Là-bas, sa vie bascule. Il apprend à tuer, à chasser, à survivre. Au bout de deux ans, éreinté, il déserte, mais ne renonce pas au combat. A Alger où il se terre, il participe aux coups de mains de l'OAS puis décide finalement de rentrer en France où il est toujours clandestin.
Sur le bateau du retour, il rencontre la femme qui changera sa vie. Le second récit a lieu de nos jours. Jean-Paul habite une tour d'un grand ensemble construit dans les années 60 pour les rapatriés d'Algérie, entre autres. Il a presque 80 ans, son fils s'occupe de lui, ses voisins de paliers sont d'anciens émigrés d'Afrique du nord et leurs descendants. Jean-Paul, à moitié dément, profère à longueur de journée des insultes racistes.
Son fils se heurte à la violence de ces éructations autant qu'à son silence sur son passé d'appelé de la guerre d'Algérie. Un soir, sur les indications de Jean-Paul, le narrateur découvre que le fils de leur voisin cache des armes dans les caves où se réunissent des salafistes. Une descente de police musclée mettra un terme brusque à leurs activités. Quel lien tisser entre ce qu'ils fomentaient et les guerres perdues du père ?