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L'histoire débute en 1938 à Vienne en Autriche, à la veille de l'Anschluss. Abraham le vieux rabbin attend avec impatience son fils Samuel qui vient d'arriver de Jérusalem. De son côté Atom Minosian change d'identité et devient Georges Farés le nom qu'il portera jusqu'à sa mort. Il part pour l'Algérie construire une nouvelle vie avec l'espoir de retrouver ses amours d'antan Violette et Djamila. Mais tout ne se déroule pas comme il le voudrait et Atom revient à Lyon, un peu avant la Toussaint 1954.
Avant de mourir Atom alias Georges doit consacrer non pas un mais deux gardiens du secret : un musulman et un juif. Son choix ne fait pas l'unanimité des forces religieuses en présence. Pendant ce temps, de nos jours, Gabrielle Farés partie se cacher aux USA sous une fausse identité met au monde un petit garçon qu'elle dénommera Atom. Après son retour en France sous sa véritable identité, Gabrielle constate la disparition de tous ses anciens collègues et même celle de Lionel.
Seule sa mère Andrée lui vient en aide, mais à quel prix, jusqu'à ce que l'imaginable se produise et en devienne monstrueux, engloutissant Gabrielle dans une spirale maléfique…