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"La Liberté de penser" est un article paru en 1866 dans la Revue des Deux Mondes. L'auteur rend compte d'un ouvrage d'Emile Beaussire, De la liberté intellectuelle et morale, paru la même année. Beaussire est l'un des fondateurs, avec Emile Boutmy, de l'Ecole libre des sciences politiques en 1871, l'ancêtre de l'Institut d'études politiques de Paris, dit familièrement Sciences Po. La liberté de penser ou d'écrire, dit Janet, a pour fondement ce principe de Descartes : "Ne reconnaître pour vrai que ce qui paraîtra évidemment être tel." Puisque c'est un devoir pour l'esprit de ne se soumettre qu'à l'évidence, il faut que ce soit en même temps un droit ; car comment pourrions-nous obéir au devoir, si on nous refuse le droit ? Il découle de ceci que l'Etat n'est pas juge du vrai et du faux, et qu'il est seulement garant des droits de chacun.
La liberté de penser n'est donc susceptible de répression qu'en tant qu'elle porte atteinte aux droits des individus.