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La chimie, loin de constituer un thème marginal ou périphérique de la philosophie kantienne, offre un possible fil conducteur pour une lecture transversale du système. Elle joue un rôle central et paradoxal des premiers opuscules précritiques à l'Opus postunum. D'un côté, Kant la considère comme un simple art empirique, contre-modèle pour les sciences rationnelles de la nature au sens propre ; d'un autre côté, la chimie expérimentale sert de métaphore analogique pour la constitution du criticisme tant théorique que pratique.
Témoin privilégié des premiers pas de la chimie dans la route sûre de la science, Kant est l'un des premiers philosophes allemands à s'intéresser aux objets, aux méthodes et aux problèmes spécifiques de la chimie. En instaurant un dialogue entre chimistes et philosophes, il inaugure le courant des philosophies de la nature, dont Schelling et Hegel sont les principaux représentants. Pour les scientifiques et philosophes de la nature du XIXe siècle, la philosophie dynamiste kantienne de la matière et de la chimie est en effet une référence incontournable.