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Au terme d'une longue série d'épreuves, Sumio et ses camarades sont finalement parvenus à échapper à l'E-Test. Devenu Enigma à la place de Kirio, Sumio a désormais pour mission de détruire le crâne. C'est alors qu'il reçoit un appel de son père disparu lui ordonnant de monter à bord d'un mystérieux train en direction de l'île du Squelette. Malheureusement, c'est seul que le jeune homme s'engage vers sa destination car Shigeru, qui l'accompagnait, a mystérieusement disparu...
Parmi les multiples pièges que lui réserve le train, Sumio rencontre trois curieux passagers qui semblent eux-aussi dotés de pouvoirs. Avec la menace de l'ennemi malfaisant qui plane au-dessus d'eux, parviendront-ils à atteindre le terminus en vie ?
