Claude Baudoin est professeur des Universités. Il enseigne l'éthologie à l'Université Paris 13 (Villetaneuse), où il a créé et dirigé de 1991 à 2002 le DESS " Ethologie appliquée et chronobiologie du comportement ". Il est responsable du DEA de Biologie du comportement et
dirige l'équipe de recherche sur les comportements adaptatifs sociaux des mammifères du Laboratoire d'éthologie expérimentale et comparée, unité associée au CNRS. Membre du Comité national de la recherche scientifique (section 29 : Fonctions mentales, neurosciences intégratives, comportements), il intervient également en qualité d'expert auprès de l'Institut national de la recherche agronomique.