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Le muséum de La Rochelle, créé au début du XIXe siècle, est l'héritier de collections prestigieuses rassemblées depuis le milieu du XVIIIe siècle : notamment le "cabinet" de Clément Lafaille, qui est un des rares cabinets de ce type resté intact. Mais également les collections de Fleuriau de Bellevue, le premier géologue français. Les bâtiments eux-mêmes ont une histoire étroitement liée à celle de La Rochelle, hôtels particuliers de grandes familles du négoce maritime rochelais, puis de gouverneurs et d'évêques… La Rochelle sera lié au monde de la mer, et naturellement aux explorateurs et militaires souvent partis de son port et de Rochefort, qui tout au long des XIXe et XXe siècles vont enrichir les collections, les étendant à l’ethnologie, la préhistoire et l’ensemble de l’histoire naturelle.
L'histoire du Muséum fait participer à ce grand épisode de découverte et d'étude du monde qui caractérise ces siècles. Les richesses de ses collections en font un musée dépassant largement un intérêt régional.