Rédigées en 1746, sans nom d'auteur, et aussitôt condamnées au feu par le Parlement de Paris, les Pensées philosophiques prennent à partie le christianisme, et au-delà toutes les religions révélées : ou la foi est compatible avec la raison humaine et les religions doivent accepter le doute et la critique et se réformer pour rejoindre " la religion naturelle " ; ou elle ne l'est pas, et comment admettre alors que Dieu exige des hommes qu'ils lui sacrifient leur raison ? Cette alternative, c'est celle que pose le déisme, avec la volonté de placer la raison au cœur des systèmes religieux (dogmes, croyances, témoignages, miracles, Livres saints, etc.).
Si l'on crédite généralement les Lumières d'avoir posé les bases philosophiques de la tolérance et de la laïcité, on ignore le plus souvent le rôle joué par le déisme dans le combat de la foi et de la raison. Les Pensées philosophiques, livre subtil qui mobilise toutes les ressources du style pour faire du lecteur son allié, est la première œuvre philosophique à porter sur la place publique le débat qui oppose les déistes aux tenants des religions établies.