Année 2060. Quelque part aux Etats-Unis, dans un manoir niché au cœur d'un immense parc privé, se trouve une école pas comme les autres. L'école Deveraux, que ses résidents ont surnommée Spy High, " l'école des espions ", délivre en effet à des adolescents surdoués des cours de techniques d'espionnage, de maniement des armes, de piratage informatique, d'entraînement au combat, en réalité virtuelle...
En cette fin de deuxième année, la pression monte d'un cran pour les six membres de l'équipe Bond. Car ceux qui échoueront à l'examen final subiront un lavage de cerveau - telle est la règle à Spy High. Or Ben, le leader de l'équipe, traverse une mauvaise passe : ses résultats sont en chute libre et ses relations avec sa petite amie Lori se dégradent. Pour tout arranger, il est soudain attaqué par un " psimouraï ", un samouraï futuriste en armure bionique ! Pour sa part, Cally est recontactée par son ancien mentor, Mac Luther, qui lui demande de l'aider à enquêter sur une étrange secte, le Temple de la Transformation, dont l'influence sur les jeunes déshérités des bas-fonds est de plus en plus inquiétante.
Une secte qui promet aux jeunes de changer leur vie, et aux vieux la jeunesse éternelle.