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Après la "répétition générale" de 1938, le plan de mobilisation nationale, élaboré à partir de 1935, entre en application en Alsace lorsqu'éclate la guerre en septembre 1939. Après l'évacuation des civils, c'est au tour des biens culturels des musées, archives, bibliothèques d'être transférés vers les lieux de repli du centre de la France (aux châteaux de Hautefort, Bourdeilles, Cordès). En parallèle, le service des Monuments historiques et les services municipaux protègent sur place les édifices les plus importants, dont la cathédrale de Strasbourg.
Du nord au sud de la région, les vitraux et les oeuvres d'art des églises sont démontés et évacués également vers la Dordogne. Dès juillet 1940 et l'annexion de fait de l'Alsace au 3e Reich, les autorités occupantes réclament le retour de l'ensemble des biens culturels évacués. Malgré de nombreux litiges, l'administration nazie réussit à organiser leur retour progressif. Les bombardements d'août et septembre 1944 et l'intensification des risques liés à la guerre entraînent une nouvelle mise à l'abri dans l'urgence, loin des centres urbains les plus menacés.
L'évacuation des oeuvres majeures, prévue au-delà du Rhin, reste toutefois limitée grâce à l'avancée rapide des troupes alliées. L'ouvrage de Bernadette Schnitzler raconte ce périlleux sauvetage patrimonial avec un effroi rétrospectif. L'effroi d'une ancienne conservatrice de musée, habituée à manipuler avec précaution les objets qui ont défié le temps.
