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Au moment de la suppression de l'abbaye Saint-Nicolas-des-Prés, le 1er septembre 1795, les archives de l'institution sont mises sous scellés et conservées sur place, dans ce qui devient, sous le régime français, une sous-préfecture du département de Jemappes (à savoir l'actuel séminaire diocésain de Tournai). Une partie importante des archives abbatiales gagne les archives communales de Tournai avant d'être transférées à Mons et, malheureusement, brûler en mai 1940.
En novembre 1807, soit quelques années après la signature du Concordat entre Napoléon et l'Eglise, le nouveau sous-préfet informe autorise la Fabrique de l'Eglise cathédrale à reprendre ses propres archives mises sous scellés et récupérer les " épaves " des archives provenant des abbayes tournaisiennes supprimées, Saint-Martin et Saint-Nicolas-des-Prés. Le fonds de Saint-Nicolas-des-Prés représente l'équivalent de 21 boîtes d'archives : il compte 477 articles : 125 chartes originales, datant pour la plupart de l'époque médiévale, deux magnifiques cartulaires, quelques manuscrits, et surtout de pièces datant des 17e et 18e siècles.
On peut ainsi connaître quelques épisodes de l'histoire du monastère de façon très détaillée. Nous pensons à l'installation de l'abbaye dans la paroisse Saint-Marguerite au 17e siècle, aux difficultés financières de Saint-Nicolas-des-Prés au milieu du siècle suivant, au déménagement dans l'ancien collège des Jésuites, au projet d'installer un hôpital militaire à l'abbaye et aux contributions exigées par le gouvernement français à la fin du 18e siècle.
L'inventaire proprement dit s'articule en sept sections, portant les lettres A à G : A. Chartes / B. Cartulaires / C. Généralités / D. Vie religieuse / E. Administration temporelle / F. Procès / G. Suppression de l'abbaye / H. Documentation sur l'abbaye datant d'après sa suppression.
