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Entre abril y marzo de 1817, este último tuvo un cruento combate contra los realistas en el sitio de Jonacatlán. A su lado murió el importante guerrillero Juan del Carmen; como a Guerrero lo encontraron cubierto con la sangre de éste, los realistas pensaron que también estaba muerto. Gran placer sintió el virrey de poder comunicar el hecho a España. En su misiva al ministro de la Guerra en Madrid le mencionó el suceso como un "bello encuentro".
Apodaca decía de Guerrero y de Juan del Carmen lo siguiente:"Ambos llegaron a ser celebridades en esta rebelión a causa de sus logros, el número de guerrillas que estaban a su mando y la gran extensión de territorio que tenían subyugada."Guerrero se acuarteló en Ixtapa, donde no tardó en ser atacado. Durante el combate sufrió graves heridas luego de intentar encender un cañón. Quince días después sus guerrilleros se lo llevaron cargando hasta Cualac, en el Valle de Huamuxtitlán, donde un buen tiempo se mantuvo lejos del teatro de las acciones.
Un médico brujo se encargó de curarlo, y mientras lo hacía le aseguraba que no iba a morir sino hasta haber cumplido una importante misión en la tierra, y le dijo que su nahual era un águila, la cual simbolizaba a un gobernante sagrado.
