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À partir du cas de la défunte université de Helmstedt, l'enquête se propose d'étudier l'organisation de l'enseignement supérieur au sein de l'espace germanique luthérien entre la guerre de Trente Ans et l'aube des Lumières - entre la double coupure de la confessionnalisation et de la territorialisation, et la fondation des universités de Halle et de Göttingen. Grâce aux nombreuses archives conservées, et notamment à l'examen précis des comptes rendus trimestriels des professeurs sur leurs enseignements, on peut observer l'évolution des chaires au sein des facultés, et la confronter tant aux attentes officielles qu'aux stratégies individuelles des différents professeurs.
Chacune des quatre facultés qui composent l'université (théologie, droit, médecine et philosophie) est passée en revue, à travers son organisation institutionnelle, le contenu des enseignements qu'elle propose, ou encore les personnalités des professeurs et leurs méthodes. Mais au-delà, il s'agit aussi de proposer un essai d'histoire sociale des pratiques intellectuelles et de la construction des savoirs, afin de préciser les évolutions qui ont abouti, à terme, à la naissance d'un nouveau modèle universitaire dans l'espace germanique au XVIIIe siècle, et plus encore à l'émergence de l'institution humboltienne au siècle suivant.
