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Dès les années de formation de la Doctrine de la Science, Fichte souligne le caractère scientifique de l'investigation. Le philosophe tient ensemble deux traditions différentes, un héritage thématique kantien et un héritage méthodique classique. En même temps qu'il reprend à son compte la critique kantienne de la métaphysique dogmatique et qu'il met en avant l'antécédence de l'activité sur l'être, Fichte souscrit à une compréhension logico-mathématique de la connaissance par principes.
La philosophie transcendantale comme science, placée dans son cadre historique, renvoie immédiatement à Kant, à ses partisans et à ses adversaires, les Reinhold, Schmid ou Maimon, les Platner, Jacobi ou Énésidème. Les discussions d'actualité, qu'elles portent sur la méthode, la connaissance ou la liberté, permettent de comprendre en détail la reprise du criticisme opérée par la Doctrine de la Science.
Fichte désire embrasser la totalité des sciences particulières à partir d'une assise pratique, fournir un système de la liberté. Que l'on considère l'élévation de la conscience à l'ambiance philosophique (l'introduction à la science) ou la justification de l'action concrète (sa clôture), le penseur parvient à concilier savoir par principes et attitude naturelle. La liberté en sa préséance se comprend ainsi en son sens spéculatif fondateur avant de surmonter, forte de ce savoir de soi, un monde désormais assumé.
