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L'immense Système de politique (1851-1854) de plus de 2000 pages en 4 volumes est moins connu que la philosophie des sciences du fondateur du positivisme. Celle-ci n'a été qu'un préalable au questionnement que le philosophe a initié dans sa jeunesse : quelle politique pour l'âge de la science et de la révolution industrielle ? N'y a-t-il pas changement dans la nature du pouvoir ? Convient-il de mettre les savants et les ingénieurs à la tête de la société ? Que retenir de la philosophie politique ancienne et moderne, d'Aristote à Hobbes ? Comment terminer, c'est-à-dire à la fois accomplir et clore la Révolution française ? La philosophie politique comtienne est résolument novatrice : séparation des pouvoirs spirituel et temporel, place de la morale, dépérissement de l'Etat, rôle des prolétaires et des femmes dans la vie politique.
Une postface fera le tableau des postérités contrastées de cette philosophie politique. En effet s'en réclament les éducateurs laïques de la IIIe République (Littré, Ferry), l'ultra droite maurrassienne, les Etats d'Amérique latine au XIXe siècle, en particulier le Brésil (qui a mis sur son drapeau la devise de Comte, Ordre et progrès), le radicalisme philosophique (Alain) et le républicanisme français en général.
