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Le Service régional de l'archéologie du Centre (ministère de la Culture ; Orléans) a diligenté en 2004 une mission d'expertise des investigations menées dans l'église Notre-Dame de Cléry-Saint-André (Loiret), en particulier sur le caveau royal de Louis XI. Si une étude documentaire préalable a permis de retrouver des documents inédits et des comptes rendus d'anciennes fouilles archéologiques, il s'agissait surtout de mener une analyse des ossements humains.
La confrontation des sources historiques et des analyses paléobiologiques ont mis en évidence dans le grand sarcophage du caveau royal l'apport, à la fin du XIXe siècle, d'ossements étrangers aux squelettes attribués à Louis XI et à Charlotte de Savoie. Les os épars ne correspondant sans doute pas à l'image qu'on pouvait se faire d'un tombeau aussi prestigieux, les os déposés ont alors été disposés de manière à révéler des corps, tandis que les autres, initialement présents dans le sarcophage, ont été isolés.
Cette étude démontre que, malgré ce qui a été écrit encore très récemment, des os de Louis XI et/ou de Charlotte de Savoie sont encore vraisemblablement présents. Ce travail est enfin l'occasion d'aborder la question de préparation des corps des grands du royaume à la fin du Moyen Age. Les traces sur les os permettent de déterminer la façon dont les dépouilles ont été embaumées : prélèvement de tout ou partie des viscères, exérèse particulière du coeur, application de produits etc.
