Après une Thèse préparée au Museum National d'Histoire Naturelle de Paris, sous la direction de J. Alloiteau puis J.-P. Chevalier (Microstructure et classification des Scléractiniaires triasiques), J.-P. Cuif s'est attaché à constituer un système d'analyse structurale des biominéraux calcaires coordonné à la caractérisation biochimique des phases organiques qui dirigent leur croissance. Sous la direction de J. Sornay (M.N.H.N. Paris), Y. Dauphin a soutenu une Thèse concernant la microstructure et la minéralogie des Céphalopodes, puis a développé une recherche visant à préciser les transformations microstructurales et chimiques affectant les biominéraux calcaires et phosphatés au cours de leur fossilisation.