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Les pages fondamentales, intitulées "Le Nihilisme européen" et datées du 10 juin 1887, sont d'une importance déterminante, quant à l'application du principe de généalogie et quanta l'élaboration du concept de nihilisme, conçu comme la conclusion de l'enquête généalogique. Nietzsche conçoit un nihilisme européen : c'est pour lui un concept daté et circonstancié, historique et géographique, certes philosophique, et tout à la fois moral et politique, bien plus que métaphysique ou mystique.
Analysant les valeurs sacrées et éternelles, Nietzsche prononce la parole déraisonnable de l'imprécateur. Mais son intention est de purifier la société européenne de l'ankylose due à l'âge. Quand Nietzsche prétend que les idéaux ascétiques signifient le nihilisme, ce qu'il montre, ce n'est autre que l'état humain radical, le face-à-face redoutable auquel est soumise la réalité humaine consciente de son manque, et telle qu'elle s'est laissée recouvrir au fil des générations par un palimpseste de réponses hétéroclites : ce qui finalement constitue pour sa gouverne autant de solutions qui la confortent que de labyrinthes qui l'égarent.