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Est-il approprié d'appliquer la "séparation des pouvoirs" à l'Union européenne ? Cette théorie qui est avant tout une méthode, un mode d'organisation du pouvoir né de l'observation des Etats, reste tributaire d'une lecture étatique qui cadre mal avec l'originalité de l'Union européenne. La nature du pouvoir de l'Union diffère d'ailleurs de celle d'un Etat : si le pouvoir dans l'Union renferme certains aspects politiques, il reste de nature essentiellement juridique.
Dès lors, le schéma d'organisation du pouvoir dans l'Union européenne doit se calquer sur la spécificité de l'Union et de son pouvoir. C'est la raison pour laquelle, l'expression séparation des pouvoirs, propre aux fonctions étatiques, doit être délaissée au profit de séparation du pouvoir, laquelle pose la nécessité de prendre en compte la spécificité du pouvoir de l'Union avant de le séparer, de l'organiser.
La méthode ainsi posée, la logique structurelle d'organisation du pouvoir révèle des écueils et insuffisances qui mettent à mal la capacité de l'Union à atteindre les objectifs consacrés par les traités et à prévenir le risque de concentration du pouvoir. Des ajustements peuvent néanmoins rendre l'organisation du pouvoir fonctionnelle. Il est alors nécessaire de procéder à une restructuration qui tienne compte du pouvoir spécifique de l'Union et d'y associer des mécanismes de modération, notamment à travers la création d'un contrepouvoir politique.