Quel est ce jeune homme dont le cadavre patiente sur la table de dissection ? Ses plaies béantes évoquent irrésistiblement les stigmates du Christ. Le docteur Saint-Omer, le légiste, procède à l'autopsie. Le verdict tombe : mort par noyade malgré les blessures infligées. La victime est Mouss, le SDF qui a fait la une des journaux avec certains de ses frères de misère pour avoir occupé Notre-Dame de Paris pendant la période de Noël, clamant leurs revendications : un logement pour tous ! Le Père Kern y officiait au moment de l'" invasion " du saint lieu.
Témoin autant qu'acteur, le bras de fer entre les sans logis et les autorités - policière et religieuse - l'avait profondément touché. Depuis, le prêtre s'est retiré. Il se consacre désormais au tri et à la conservation des " traces du passage des plus pauvres sur cette terre " au centre Wresinski, dans le Val d'Oise. Claire Kauffmann, l'ex-procureur, est chargée d'instruire l'affaire du " noyé des Batobus ".
Lorsqu'elle apprend que François Kern connaissait la victime, elle décide d'aller le voir pour le convaincre de l'aider dans son enquête. Elle essuie un refus : la jeune femme devra se débrouiller seule, cette fois... Mais le Père Kern résistera-t-il à l'appel du coeur et au besoin de comprendre ? Entre les silences, les non-dits et les malentendus, les enquêteurs, officiels ou non, auront bien du mal à démêler les fils de ce crime sordide.
Nous retrouvons avec jubilation le trio Kern/Kauffmann/Landard-Gombrowicz, affublé de Kristof - la " gargouille " -, qui hante les jardins comme les travées de Notre-Dame.