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Après Tuna, c'est Jingying qui se sacrifie pour permettre à Sakura d'exister. Seulement, cet événement lui fait perdre la mémoire. Son environnement ravive chez elle des bribes lui rappelant que des souvenirs sont perdus au fond de son esprit. C'est alors qu'une nouvelle élève est transférée dans son établissement : ce n'est autre que Magi, qui a décidé de retourner à l'école. Elle est accompagnée d'une elfe mystérieuse nommée Marguerite.
Toutes deux viennent à la rencontre de Sakura pour l'aider à recouvrer la mémoire et sauver Eole, qui reste introuvable pour le moment... Quel est notre but...? Qu'est-ce que le "bonheur"...? Bien des idées et des choix s'offrent à nos héroïnes ! Voici l'histoire d'une magical girl qui voulait devenir une humaine à part entière, prête à accomplir des miracles pour arriver à ses fins.