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Fondé en 1944 afin de contrer les expériences occultes menées par les Nazis puis par les soviétiques, le BPRD : Bureau de Défense et de Recherche sur le Paranormal intervient partout dans le monde où le besoin se fait sentir. Hellboy fut l'un des premiers agents à l'intégrer avant de partir vivre des aventures en solo. A la suite des catastrophes survenues en cascade au cours de ce qui a été baptisé "Le Fléau des grenouilles", le BPRD se voit contraint d'opérer sous le contrôle strict des Nations Unies.
Les membres de l'équipe sont cependant très rapidement confrontés à de nouvelles horreurs. Des gens disparaissent d'une petite ville sans laisser aucune trace, près de laquelle des monstres déambulent dans les bois, tandis qu'une nouvelle et terrifiante créature semble bien déterminée à faire se déverser l'Enfer sur Terre.