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L'hypomotilité du tractus gastro-intestinal accompagne souvent le myxoedème et est source de distension abdominale, de flatulence et de constipation. On observe plus particulièrement un mégadolichocolon et moins souvent un mégaoesophage. Le mégacolon : il se manifeste par une constipation opiniâtre retrouvée dans 1/2 à 1/3 des cas parfois associée à une anorexie (45% des cas d'hypothyroïdie). Au lavement baryté, le colon est hypotonique avec fréquemment l'aspect d'un conduit lisse passivement dilaté.
Au transit oesogastroduodénal, on peut observer un mégaoesophage qui s'accompagne d'un retard d'évacuation de la baryte à l'étage oesophagien, source de dysphagie dans 8, 5% des cas d'hypothyroïdie. Plus rarement, un mégaduodénum et un mégagrèle peuvent être observés. La lithiase biliaire : fréquemment latente, elle est en rapport avec une hypotonie de la vésicule biliaire et probablement avec le taux élevé de la cholestérolémie.