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Avec les indépendances formelles des anciennes colonies françaises d'Afrique noire s'ouvre l'ère de la lutte contre le néocolonialisme. Les étudiants africains, mobilisés autour de cette lutte, étaient désormais devenus des étrangers qu'on pouvait facilement expulser de la France. Le gouvernement français d'alors n'hésitait pas à procéder à des expulsions massives pour réprimer leurs organisations syndicales ou politiques.
La liquidation des deux grandes fédérations d'AOF et d'AEF et la suppression des commissions fédérales des bourses - consécutives à la mise en application de la Loi-cadre Gaston Defferre de 1956 destinée à balkaniser l'Afrique noire sous domination française - vont considérablement affaiblir la Fédération des étudiants d'Afrique noire en France (FEANF) au profit de ses sections territoriales. Les gouvernements africains, par le biais de leurs ambassades et de leurs commissions territoriales de bourses, vont eux-mêmes prendre en charge leurs étudiants et se donner à leur tour les moyens de réprimer les organisations d'étudiants hostiles à leur politique de collaboration avec les autorités françaises.
Parmi les divers procédés utilisés, il y avait la suppression des bourses et des subventions aux hôtels et résidences habitées par les ressortissants de leurs territoires (La Maison de la Côte d'Ivoire, du Gabon, de la Haute-Volta, du Congo, d'AOF), la création d'associations progouvernementales telles que celle des étudiants de l'Union progressiste sénégalaise (UPS), le Mouvement des étudiants de l'organisation commune africaine et malgache (MEOCAM), l'Union nationale des étudiants de la Côte d'Ivoire (UNECI).
La Fédération des étudiants d'Afrique noire en France entre alors dans une phase de déclin, le ver est dans le fruit de l'Unité avec l'application de la Loi-cadre.
