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Cette université de la Contre-Réforme, fondée en 1562, fut marquée par l'influence jésuite dès 1567. Les bénédictins y fondèrent également deux collèges. Le xviie siècle, à Douai, fut marqué par de grandes turbulences. Dès 1640, la guerre ravagea le pays, jusqu'à la conquête française en 1667. Louis xiv voulut restaurer l'université, mais très vite, il se heurta à ses résistances dans l'affaire du gallicanisme (1682).
Puis, dans la querelle janséniste, la fameuse « fourberie de Douai » permit au pouvoir royal d'éloigner les maîtres proches d'Antoine Arnauld. Le xviiie s'ouvrit sur une victoire des jésuites : le roi leur confiait à perpétuité, dès 1705, la chaire royale de mathématiques fondée pour eux par le gouverneur de Douai. Les jésuites entraient ainsi dans le conseil de l'université, bientôt suivis par les bénédictins à la fin des années 20.
Ainsi les réguliers partageaient le pouvoir avec les séculiers et les autorités municipales. Cependant, dès 1749, un nouveau règlement plaçait l'université sous la férule du parlement de Flandres. Puis, en 1755, le gouverneur des Pays-Bas autrichiens, Charles de Lorraine, interdisait à ses sujets d'aller étudier et même enseigner à Douai. L'université était ainsi réduite à sa dimension nationale. En 1 764, après deux ans de résistance, le Parlement de Flandres se résigna à expulser les jésuites, plaçant ainsi une large partie de l'université sous la coupe des évêques et du pouvoir séculier.
Tel fut le destin de cette école importante, qui comptait plus de 1 000 étudiants, et qui fut en tous points très fidèle au Saint-siège. La tradition douaisienne fut surtout mathématique et théologique. Université pauvre en prébendes comme en pensions, Douai n'eut pas l'éclat de nombre d'universités soutenues par le pouvoir, mais elle sut rester libre, face au roi, face à l'épiscopat. Elle se voua surtout à la défense de l'orthodoxie face au jansénisme
