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De 1521 à 1571, l'Inquisition mexicaine a revêtu la forme d'une Inquisition apostolique qui se caractérise par la toute-puissance que la métropole déléguait à l'inquisiteur apostolique, en l'absence de tout l'appareil inquisitorial, tel qu'il existait alors en Espagne, et notamment d'un tribunal formel du Saint-Office, qui ne verra le jour qu'en 1571.
L'Inquisition apostolique offre un visage à la fois nouveau et traditionnel.
L'aspect nouveau réside dans la confrontation de l'Indien au catholicisme; l'Inquisition apostolique s'inscrit ici dans le prolongement de la conquête spirituelle. L'aspect traditionnel apparaît dans la poursuite de l'hérésie dans la colonie, telle qu'elle se pratiquait alors dans la péninsule ibérique, bien qu'avec des nuances.
Le caractère le plus marquant de ce type d'Inquisition réside cependant dans la lutte que cette institution a engagé pour discipliner les conquistadores et leurs descendants, ainsi que les colons, toujours plus nombreux à venir s'installer en Nouvelle Espagne.