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L'analogie évoque plus souvent les figures de style ou les formes prélogiques de la pensée que la rigueur déductive du discours scientifique. L'ambiguïté dont elle est porteuse renvoie à la polysémie de la langue naturelle, et à une subjectivité incontrôlable dont la science cherche précisément à se démarquer, tant elle aspire à constituer un langage universel. Pourtant, l'analogie intervient souvent dans les travaux de culture scientifique, où elle " donne à voir " certains résultats théoriques sans recourir à une formalisation trop spécialisée.
Et le rejet de l'analogie oublie volontiers les conditions d'élaboration du discours scientifique. Y compris en mathématiques, l'analogie sous-tend des extensions et des transferts de sens, le plus souvent de nature opératoire, qui obligent à renouveler les catégories existantes. Des historiens des sciences examinent ici ce travail de déconstruction-reconstruction du discours scientifique. Ce travail implique en permanence des choix philosophiques quant aux pratiques et aux objets qu'il s'agit de signifier, des choix qui ne sauraient être ignorés, sauf à méconnaître les limites du discours scientifique.
