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L'année 1598 est un carrefour de l'histoire générale : la paix de Vervins entre l'Espagne et la France marque d'un point final la période des guerres de religion. Sa signification est renforcée par la mort de Philippe II. Henri IV profite de l'accalmie pour proclamer l'édit de Nantes, qui accorde aux protestants français un statut de minoritaires, certes, mais un statut équitable. La contre-réforme n'a pas cessé pour autant de se développer, et les Genevois assistent, consternés, à la recatholicisation du Chablais voisin.
Comment Bèze a-t-il vécu ces événements ? Ses lettres le révèlent : il a commencé par se méfier de la paix de Vervins, organisée par le pape. Puis il s'est réjoui sans restriction de la paix proprement dite, et a salué l'édit de Nantes : « c'est de l'Eternel que cela est venu, c'est un prodige à nos yeux » (Psaume 117). Quant à la contre-réforme et aux événements du Chablais, ils suscitent des réflexions importantes sur les « Disputes de religion » que l'on organise alors : il est difficile de les refuser, et cependant celles qui sont organisées pour imposer la religion du Prince sont à éviter.
Que de problèmes à affronter les pasteurs qui se découragent, les luthériens qui injurient les calvinistes (à Strasbourg), les rêveurs qui se prennent pour des prophètes (Raphael Egli à Zurich), le Consistoire de Nîmes qui cherche appui auprès des Magistrats laïcs en en faisant des protecteurs... ,
