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Pour comprendre ce que sont aussi bien un cristal qu'un être humain, la science traditionnelle les réduit en éléments simples et les considère comme des sommes d'atomes ou de cellules. Au contraire, l'analyse de systèmes présuppose qu'il faut se les représenter d'abord comme des systèmes autonomes, organisés, complexes et en interacation avec un milieu, ce que ne peut permettre le réductionnisme de la science cartésienne.
Plus donc qu'une véritable théorie, il s'agit d'une nouvelle approche de la réalité qui, si elle trouve ses racines chez nombre de philosophes et de savants précédant le XXe siècle, n'a connu un véritable essor qu'avec la cybernétique, la biologie et certaines branches des mathématiques. Ce type d'analyse s'applique particulièrement aux phénomènes sociaux qui sont les plus complexes des systèmes : la famille, la politique, le chômage...
Les recherches et les perspectives les plus récentes montrent l'étendue des découvertes que permet cette démarche.