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Pendant la seconde moitié du XXe siècle, à plusieurs reprises des spécialistes de l'histoire comtoise ont réuni leur savoir pour retracer l'évolution de la province depuis la préhistoire jusqu'à l'époque contemporaine. En 1991, Pierre Lévêque dirigea la dernière publication de ce genre sous le titre Franche-Comté. Depuis cette date, les archéologues, historiens, historiens de l'art n'ont cessé de poursuivre leurs recherches qui méritent d'être prises en compte dans cette Nouvelle histoire de la Franche-Comté et des Francs-Comtois.
Pour couvrir l'ensemble de l'aventure humaine sur le sol de la Comté, quatre historiens se sont réparti la tâche, en fonction de leurs spécialités à travers trois volumes. Le premier tome traite de l'Antiquité (Antonio Gonzales) et du Moyen Age (Pierre Gresser). Le second englobe l'époque moderne ou les XVIe-XVIIIe siècles (André Ferrer). Quant au troisième, il retrace la période contemporaine à savoir les XIXe et XXe siècles sous la plume de Michel Vernus.
"La Franche-Comté" antique recouvrait un territoire plus grand vers le sud et le nord que notre région actuelle, tout en étant bornée à l'est et à l'ouest par le Jura, la Saône, frontières naturelles qui n'empêchèrent pas les contacts avec les peuples voisins. Depuis l'Age du bronze, la région que les historiens finirent par appeler Séquanie se caractérisa par des spécificités culturelles qui identifieront le peuple des Séquanes.
Avec l'intégration de la Séquanie dans l'Empire romain, la Franche-Comté profita parfaitement des cadres de la romanisation grâce à l'essor économique et urbain. Elle reçut des produits venus d'Italie ou d'autres provinces, mais aussi exporta des productions qui, comme les salaisons, étaient consommées à Rome. L'intégration des hommes et du territoire a donc permis un essor continu sur près de trois siècles.
La pression barbare sur le flanc est de l'empire fit de la Séquanie un des piliers du système défensif romain dans le cadre d'une province dont Besançon était l'épicentre. Au Ve siècle, l'arrivée des Barbares marqua l'entrée progressive des terres comtoises dans le haut Moyen Age, caractérisé également par la diversité des entités géopolitiques et l'essor du christianisme. Aux environs de l'an mil débutèrent trois siècles d'essor au sein de deux principautés : les comtés de Bourgogne et de Montbéliard, qui relevaient du Saint Empire romain germanique.
Cela n'empêcha pas le comté de Bourgogne d'être rattaché à deux reprises (1330-1361 et 1384-1477), au duché de Bourgogne appartenant au royaume de France. Si le Moyen Age finissant s'exprima dans un contexte difficile, il fut néanmoins suivi par le "beau seizième siècle". Pendant tout le millénaire médiéval, les hommes construisirent des édifices révélés progressivement par l'archéologie et dont certains forment une partie du patrimoine architectural de la Comté du XXIe siècle.
